На сегодняшний день в организациях здравоохранения республики все медицинские отходы сортируются на месте согласно классификации. В организациях здравоохранения общие неопасные отходы класса А собираются отдельно в контейнеры, далее сбрасываются в организованные на специальных площадках мусорные контейнеры, которые затем вывозятся силами самой организации либо по договору с коммунальными службами на ближайший полигон твердых бытовых отходов.
Так же в организациях здравоохранения производится раздельный сбор инфицированных отходов классов Б от общих неопасных отходов.
В медицинских организациях республики с 2011 года для управления медицинскими отходами внедрена система автоклавирования, которая значительно безопаснее предыдущей, когда медицинские отходы сжигались. При автоклавировании снижается риск инфекционного заражения медицинских работников и это экологически чистый способ утилизации, когда не загрязняется окружающая среда в отличие от утилизации методом сжигания медицинских отходов.
Опасные медицинские отходы после обеззараживания методом автоклавирования 1320С, не представляют опасность и приравниваются к бытовым отходам. Затем они вывозятся на полигон твердых бытовых отходов муниципальными службами, где происходит их уничтожение в соответствии существующими в КР правилами и нормами регламентирующие организацию и работу полигонов твердых и бытовых отходов.
В организациях здравоохранения ответственным за организацию управления медицинскими отходами является директор, зам директора по административно-хозяйственной части является ответственным за систему управления медицинскими отходами, в отделениях больниц отвечает за сбор и сортировку обученный средний медицинский персонал.
Система, основанная на использовании технологии автоклавирования медицинских отходов, внедрена в 203 организациях здравоохранения, из них в 126 стационарах и 45 ЦСМ.
Так же при технической поддержке проекта ПРООН-ГЭФ «Защита здоровья человека и окружающей среды от непреднамеренных выбросов СОЗ и ртути из-за нерационального управления медицинскими отходами в Кыргызстане» установлены 100 автоклавов для фельдшерско акушерских пунктов (ФАП) Чуйской и западной части Иссык-Кульской областей. В настоящее время при поддержке «Врачи без границ» данная система продолжает работать в 25 ФАПах Баткенской и Ошской областей.