Госэкотехинспекцией осуществляется государственная регистрация (перерегистрация) водного транспорта (маломерные и крупнотоннажные суда) с выдачей судового билета, судового свидетельства в соответствии с Правилами регистрации, учета и технического надзора за маломерными судами, базами (сооружениями) для их стоянок и аттестации судоводителей на право управления этими судами на территории Кыргызской Республики, утвержденными постановлением Правительства Кыргызской Республики от 11.05.1999 года № 249.
Регистрации, учету и техническому надзору подлежат все категории судов, типы и виды самоходных с главными двигателями мощностью менее 150 л.с. (110,3 кВт) и несамоходных валовой вместимостью менее 80 регистровых тонн плавучих сооружений, в том числе и надувные, разборные и прочие плавсредства, принадлежащие юридическим и физическим лицам.